上海杖元拥有数百家合作机构和用户，包括北京大学、上海交通大学、安徽医科大学、浙江大学、中南大学、上海市儿童医院、上海市妇幼保健中心、首都儿科研究所、浙江大学医学院附属儿童医院、南京市妇幼保健院、厦门市妇幼保健院、合肥市妇幼保健院、北京和睦家医院、唯儿诺医疗集团、中国发展研究基金会、联合国儿童基金会等。